Το πρόγραμμα «Μηδενικά Απόβλητα» έχει ως στόχο την ανάπτυξη ενός ολοκληρωμένου προγράμματος για την ελαχιστοποίηση της παραγωγής αποβλήτων και τη μεγιστοποίηση της αξιοποίησης φυσικών πόρων και ενέργειας στις περιοχές που συμμετέχουν στο πιλοτικό πρόγραμμα. Επιπλέον, στόχο αποτελεί και η συστηματική και δραματική μείωση της ποσότητας των αποβλήτων που καταλήγουν σε χώρους ταφής, εκτρέποντας την ποσότητα των υλικών και των φυσικών πόρων με σκοπό την επαναχρησιμοποίηση και την ανακύκλωσή τους. Το πρόγραμμα θα προωθήσει μεθόδους επαναχρησιμοποίησης και ανακύκλωσης, οι οποίες θα αποτελέσουν την οικονομική βάση βιώσιμης ανάπτυξης για περιοχές, οι οποίες συμμετέχουν στο πρόγραμμα. Η μετατροπή των αποβλήτων σε πολύτιμα προϊόντα μέσω της επαναχρησιμοποίησης ή της ανακύκλωσης δημιουργεί θέσεις εργασίας, διαθέτει υλικά στον δευτερογενή τομέα παραγωγής και προσθέτει σημαντική αξία σε ολόκληρη την οικονομία.
Ένα σημαντικό μέρος της υλοποίησης του προγράμματος αποτελεί και η χρήση μεθοδολογιών κοινοτικής κομποστοποίησης και ΠΟΠ (Πληρώνω Όσο Πετάω), καθώς επίσης και η συμμετοχή εμπλεκόμενων τοπικών και εθνικών ιδρυμάτων. Η προσπάθεια αυτή είναι μεγάλη πρόκληση στις μέρες μας, ιδίως για τις Μεσογειακές χώρες, λόγω κάποιων ιδιαιτεροτήτων τους, όπως είναι η ελαστικότητα των νομοθετικών ρυθμίσεων, οι περιορισμένοι μηχανισμοί ελέγχου και η δυσπιστία απέναντι στις αρχές, καθώς επίσης και η ερημοποίηση των εδαφών, η ανάγκη για τη δημιουργία αποθηκών άνθρακα και οι συνέπειες της μη βιώσιμης διαχείρισης αποβλήτων στη Μεσογειακή λεκάνη.