Tη συμμόρφωση Ελλάδας και Κύπρου με την κοινοτική νομοθεσία για την λειτουργία των ΧΥΤΑ, εντός δύο μηνών, ζητά η Ευρωπαϊκή Επιτροπή με την αποστολή αιτιολογημένης γνώμης (δεύτερο στάδιο της προδικαστικής διαδικασίας). Ειδικότερα, για την Ελλάδα η προσφυγή αφορά τη Ζάκυνθο και την Κέρκυρα.
Όπως επισημαίνει η Επιτροπή οι χωματερές που λειτουργούν κατά παράβαση της κοινοτικής νομοθεσίας περί αποβλήτων, αποτελούν σοβαρή απειλή για την ανθρώπινη υγεία και το περιβάλλον. Η Επιτροπή απευθύνει αιτιολογημένες γνώμες και ζητά από την Ελλάδα και την Κύπρο να συμμορφωθούν εντός δύο μηνών και σε περίπτωση που δεν το πράξουν, μπορεί να αποφασίσει να παραπέμψει τις υποθέσεις στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο.
Στην Ελλάδα, απευθύνονται δύο αιτιολογημένες γνώμες. Η πρώτη αφορά τη χωματερή που βρίσκεται μέσα στο Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Ζακύνθου, που δημιουργήθηκε για την προστασία της θαλάσσιας χελώνας καρέτα-καρέτα, είδος προτεραιότητας, που κατατάσσεται στα απειλούμενα με εξαφάνιση.
Από επιθεωρήσεις που διεξήγαγαν οι ελληνικές αρχές επιβεβαιώθηκε ότι η χωματερή εξακολουθεί να λειτουργεί κατά παράβαση της κοινοτικής νομοθεσίας περί χώρων υγειονομικής ταφής αποβλήτων. Σύμφωνα με την Επιτροπή, οι χωματερές όχι μόνο απειλούν την ανθρώπινη υγεία και το περιβάλλον, αλλά προκαλούν βλάβες στις χελώνες καρέτα- καρέτα, λόγω της ρύπανσης από διαρροές και πλαστικές σακούλες, και επειδή προσελκύουν γλάρους που κυνηγούν τα χελωνάκια.
Οι ελληνικές αρχές έχουν αναγνωρίσει το πρόβλημα και έχουν ξεκινήσει τη διαδικασία για να κατασκευαστεί εγκατάσταση αντικατάστασης. Ωστόσο, λόγω σοβαρών καθυστερήσεων, η εγκατάσταση δεν αναμένεται να λειτουργήσει πριν από το 2014, ενώ εγκαταλήφθηκαν τα σχέδια για μια μεταβατική περίοδο, κατά την οποία τα απόβλητα θα αποστέλλονταν σε κινητές μονάδες μέχρι να κατασκευαστούν οι νέοι χώροι υγειονομικής ταφής. Η Επιτροπή ανησυχεί για τον αργό ρυθμό των αλλαγών και, για τον λόγο αυτό, απευθύνει αιτιολογημένη γνώμη με την οποία ζητά από την Ελλάδα να συμμορφωθεί με την κοινοτική νομοθεσία περί χώρων υγειονομικής ταφής.
Η δεύτερη υπόθεση για την Ελλάδα αφορά τη χωματερή στο Τεμπλόνι της Κέρκυρας, που λειτουργεί χωρίς άδεια και αποτελεί σοβαρή απειλή για τη δημόσια υγεία και το περιβάλλον. Αναγνωρίζοντας το πρόβλημα, οι ελληνικές αρχές ενέκριναν το 2008 διορθωτικό πρόγραμμα για τον χώρο, προσδιορίζοντας τα μέτρα που έπρεπε να ληφθούν για να αντιμετωπιστούν όλα τα υφιστάμενα ζητήματα. Δεδομένου ότι δεν ελήφθησαν τα κατάλληλα μέτρα και συνεχίζεται η λειτουργία της χωματερής κατά παράβαση της νομοθεσίας της ΕΕ περί αποβλήτων, η Επιτροπή απευθύνει αιτιολογημένη γνώμη.
Στην Κύπρο διαπιστώθηκε ότι πολλές χωματερές λειτουργούν κατά παράβαση της νομοθεσίας περί αποβλήτων της ΕΕ. Στο διάστημα που μεσολάβησε από τότε που κινήθηκαν οι παρούσες διαδικασίες επί παραβάσει, έχει σημειωθεί πρόοδος με την παύση λειτουργίας και την αποκατάσταση πολλών χωματερών, καθώς και με τη δημιουργία κατάλληλου συστήματος διαχείρισης αποβλήτων.
Ωστόσο, η Επιτροπή θεωρεί ότι έξι χωματερές συνεχίζουν να λειτουργούν κατά παράβαση της νομοθεσίας της ΕΕ. Οι εν λόγω έξι χωματερές εξακολουθούν να απορροφούν το σύνολο των απορριμμάτων των δήμων Λευκωσίας και Λεμεσού, δεδομένου ότι δεν έχουν ακόμη κατασκευαστεί επαρκείς υποδομές υποδοχής αποβλήτων σε αυτούς τους δύο δήμους.